2022年以来，学院新增科研项目191项，总经费1.25亿元，其中，新增纵向项目102项，经费7700万元，新增横向89项，经费4770万元。近三年学院师生共发表论文369篇，其中中科院一区和二区期刊121篇。

学院已建成生态实验中心（由植物形态结构实验室、基础生态实验室、植物生理生态实验室、污染生态实验室、分子生态实验室组成）、环境科学与工程实验中心（由环境监测实验室、环境微生物实验室、环境工程实验室组成）两个基础实验中心。学院现建有省部级科研平台（团队）5个，其中，绿洲生态教育部重点实验室1个，新疆精河温带荒漠生态系统教育部野外科学观测研究站1个，自治区级“新疆矿产资源绿色开发与生态修复协同创新中心”（共建）1个，自治区“干旱半干旱区可持续发展国际研究中心”1个，海外智力为国服务新疆工作基地1个。具备承担国家重大项目所需的研究设施和工作条件。学院在干旱区植物-土壤耦合机制，生物多样性，山地-荒漠-绿洲生态系统过程与适应等领域取得重要研究成果；在国土空间生态修复、碳汇提升、环境污染治理、废弃物资源化利用、环境功能材料等领域形成优势。