2021年以来，学院新增科研项目295项，总经费1.81亿元，其中，新增纵向项目142项，经费9630万元，新增横向153项，经费8481万元。近四年学院师生共发表论文535篇，其中中国科学院一区和二区期刊229篇。

学院已建成生态实验中心（由植物形态结构实验室、基础生态实验室、植物生理生态实验室、污染生态实验室、分子生态实验室组成）、环境科学与工程实验中心（由环境监测实验室、环境微生物实验室、环境工程实验室组成）两个基础实验中心。学院现建有省部级科研平台（团队）8个，其中绿洲生态教育部重点实验室1个，新疆精河温带荒漠生态系统教育部野外科学观测研究站1个，自然资源部荒漠-绿洲生态监测与修复工程技术创新中心1个，自治区环境污染控制与资源化重点实验室1个，精河温带荒漠生态系统新疆野外科学观测研究站1个，自治区级“新疆矿产资源绿色开发与生态修复协同创新中心”（共建）1个，自治区“干旱半干旱区可持续发展国际研究中心”1个，海外智力为国服务新疆工作基地1个，具备承担国家重大项目所需的研究设施和工作条件。