新疆大学生态与环境学院的前身是成立于1994年的新疆大学干旱生态环境研究所。2000年9月新疆大学资源与环境科学系、新疆工学院资源与环境工程系和新疆大学干旱生态环境研究所合并成立新疆大学资源与环境科学学院。2004年，根据自治区经济社会发展对急需紧缺人才的需求，资源与环境科学学院的旅游管理专业和部分师资分离出去，成立新疆大学旅游学院；2008年地质勘查与矿产普查专业、勘查技术专业、采矿工程专业和部分师资分离出去，成立新疆大学地质勘查与工程学院。2022年1月，根据自治区经济社会发展及新疆大学学科发展需求，将原资源与环境科学学院拆分，分别成立新疆大学生态与环境学院（干旱生态环境研究所）和新疆大学地理与遥感科学学院。